Al cumplirse 5 años de su fallecimiento en 1998, la Conferencia Episcopal Argentina en su Asamblea Plenaria de noviembre de 2003, decidió abrir la causa de beatificación y canonización del Cardenal Eduardo Francisco Pironio y constituirse actor principal de la misma.
En abril de 2005 la causa fue introducida en el tribunal eclesiástico del Vicariato de Roma y se designó Postulador al Padre Giuseppe Tamburrino, monje benedictino y sacerdote de la Abadía de Praglia, Italia. Al ser favorable a la admisión de la causa por parte de la Conferencia Episcopal del Lacio, el Cardenal Camilo Ruini, el 13 de junio, emite el Edicto para poner en conocimiento de la comunidad eclesial la solicitud de la causa y solicitar noticias sobre la fama de santidad del Siervo de Dios. Posteriormente fueron designados dos censores teológicos para el examen de los escritos publicados por el Cardenal. Con fecha 21 de noviembre de 2005 es designada vice-postuladora Beatriz Buzzetti Thomson, presidente de la Acción Católica Argentina, según expresa el nombramiento, “para que cumpla esta tarea en todo lo que se refiere a la Causa y que deberá ser tratado en Argentina y países limítrofes de América Latina”.
La Congregación para la Causa de los Santos concedió el Nihil obstat para la apertura del Proceso de Beatificación y Canonización. El 23 de junio de 2006, se realizó la solemne apertura de la fase diocesana del proceso de beatificación y canonización de Siervo de Dios Cardenal Eduardo Francisco Pironio. La ceremonia se desarrolló en la Sala della Conziliacione del Palazzo Apostólico Lateranense y fue presidida por el Card. Camilo Ruini, Vicario General de Su Santidad para la diócesis de Roma. Se constituyó la comisión histórica y la designación de los censores históricos que se dedicaron al estudio de los numerosos escritos y documentos que dan cuenta de su vida y su obra, como así también del contexto histórico en el cual el Cardenal Pironio desarrolló su acción.
El lunes 19 de febrero de 2007, el Tribunal de la Curia Arzobispal de Buenos Aires se reunió en primera sesión, para realizar los actos iniciales del Proceso en la Argentina, que recogerá los testimonios sobre la fama de santidad y el ejercicio heroico de las virtudes del Siervo de Dios Eduardo Francisco Pironio. El Tribunal fue presidido por Su Excelencia Monseñor Joaquín Sucunza, Vicario General del Arzobispado de Buenos Aires, y está compuesto por el Padre Luis Glinka, OFM, juez delegado y el P. Alejandro Bunge, juez adjunto; el P César Salvador Sturba, promotor de justicia y las notarias adjuntas Hna. Isabel Fernández y la Srta. Josefina Martinetto. Estuvieron también presentes el Postulador de la Causa, R.P. Giuseppe Tamburrino OSB, la Vicepostuladora, Beatriz Buzzetti Thomson y la Vicecanciller María Luisa Morani. El 5 de octubre de 2007 se efectuó la sesión de clausura del Tribunal Rogatorial de Buenos Aires, luego de haber recibido 42 testimonios correspondientes a sacerdotes, religiosos y religiosas, y laicos de la República Argentina y de Colombia.
De igual forma finalizó su tarea el Tribunal Rogatorial de Madrid y del Tribunal Eclesiástico del Vicariato de Roma.
El 8 de marzo de 2016 se clausuró de la fase diocesana en la Sala de la Conciliación del Palacio el Vicariato del Obispado y participaron también el Secretario General de la Conferencia Episcopal Argentina, Mons. Carlos Humberto Malfa; el postulador de la causa, Giuseppe Tamburrino, la vicepostuladora Prof Beatriz Buzzetti Thompson y el presidente de la Acción Católica Argentina Ing. Emlio Inzaurraga.
Fueron presentadas las 17 cajas que contienen la documentación sobre la vida y virtudes del Siervo de Dios y que ahora fueron estudiadas por la Congregación para las Causas de los Santos.
En 2022, el Papa declaró que el cardenal tenía “virtudes heroicas” y lo convirtió en “venerable”.
El 4 de mayo de 2023 la Junta Médica del Vaticano confirmó que la sobrevida de Juan Manuel Franco, el viernes 1 de diciembre del 2006 con tan solo quince meses de vida, y que sus padres atribuyen a la intercesión del Cardenal Eduardo Pironio, “supera la ciencia médica”. El 8 de noviembre de 2023 fue promulgado el decreto del Dicasterio para las Causas de los Santos, que reconoce el milagro atribuido a la intercesión del Venerable Eduardo Francisco Pironio -cardenal argentino que vivió entre 1920 y 1998-, que da paso a su beatificación.